По преданию, одноименная деревянная церковь здесь была построена в конце XIV – начале XV века на месте, где в 1310 году состоялся суд над Митрополитом Петром, обвиненном тверскими князьями в торговле священническими должностями. На Переславском соборе благодаря великим Московским князьям митрополит был оправдан. Полагают, что деревянную церковь построили после вскрытия святых мощей Митрополита (1360 год) на средства великого Дмитрия Донского в благодарность за духовную помощь Святителя Петра укрепляющийся Москве. Церковь Петра митрополита была отстроена в камне (из кирпича с дубовыми связями) в 1584 году на средства Грозного. Столь недешевое строение в период экономического кризиса, видимо. Было связано с искуплением царского греха после трагической гибели царевича Ивана. В патриарших окладных книгах Петроитрополитская церковь упомянута в первый раз в 1654 году, тогда она платила дани «…2 алтына, заезда гривну». До 1781 года она состояла «на жалованьи государства». Примечательно, что подвалы храма являлись хранилищем боеприпасов для переславского гарнизона и тюрьмой для государственных преступников. В конце XVIII века в подклете здания была устроена теплая церковь. В XIX веке вместо старой звонницы к церкви пристроили колокольню. Приход этой церкви в это время составлял более трехсот человек.

В конце XIX столетия церковь реставрировали под руководством известного исследователя древнерусской архитектуры академика В.Суслова. В 1940 году церковь Петра Митрополита еще находилась в ведении общества верующих. Через несколько лет ее закрыли и использовали как склад. В 1950-1960-х гг. Ярославская научно-реставрационная мастерская восстановила древнюю форму кровли и первоначальные формы оконных проемов, частично укрепила кладку стен и вскрыла под толстым слоем штукатурки древние арки. Церковь Митрополита Петра сохранилась до настоящего времени как памятник государственного значения . Этот великолепный храм является одним из последних памятников, завершающих «классический» период в развитии древнерусского зодчества. В настоящее время церковь передана Русской православной церкви.

По материалам книги Н.Ермаковой «Храмы Переславля: существующие и утраченные», Славпринт, 2004